Kong visszatért, és erõsebb, mint valaha. A hatalmas emberszabású majom, akit King Kong és ember „testvére” Jason génjeinek segítségével támasztottak fel, saját királyságának ura. Egy sötét, õsi jóslat következtében az elveszett Atlantisz valaha elsüllyedt szigete azonban ismét a felszínre emelkedik, és gonosz királynõjének egyetlen vágya, hogy Kong: Atlantis királya legyen ismét.

A bátor Jason és vakmerõ barátai azonban szembeszállnak az uralkodónõvel. Küzdelmük során óriási állat-harcosokkal, titokzatos csapdákkal és lázadókkal kerülnek szembe. Jasonnek a csaták hevében kell megpróbálnia egy különleges eszköz segítségével egyesülnie Konggal, mert csak így menthetik meg a szigetet és magát Kongot.