A második rész, a Hódítások középpontjában a spanyol konkvisztádor, Pizarro és az inka sereg 16. századi összecsapása áll. Vajon fejlett fegyverzetük segítette gyõzelemhez a spanyolokat? Vagy – ahogy Diamond állítja – a fertõzõ betegségekkel szembeni veleszületett ellenállásuk is hozzájárult, amelyre a háziállatokkal való évszázados érintkezés révén tettek szert? Az Újvilág meghódításában talán olyasvalami segítette az európaiakat, aminek a létezésérõl õk maguk sem tudtak, pedig minden emberi ellenségnél halálosabb.