A film folytatásában Brent ûrhajóst különleges utazásra küldik, térben és idõben egyszerre. Küldetése, hogy a 3955. évben eltûnt Taylort, az elsõ expedíció vezetõjét megtalálja. Taylor, akinek ûrhajója a majmok lakta bolygóra zuhant, a felfegyverzett gorillák fogságába esett. Egy Nova nevû néma lánnyal sikerült ugyan megszöknie a majmoktól, ám menekülés közben furcsa, telepatikus képességekkel rendelkezõ mutánsok közé keveredik. Ezek a lények a valamikori New York City földalatti romjai között élnek, és egy élõ kobalt bombát imádnak. Brent rádöbben, hogy a mutánsok kialakulása egy atomtámadás következménye, mely az Egyesült Államok néhai lakóinak nagy részét elpusztította. És õ most két tûz közé került a majmok és mutánsok hatalmi háborújában...