2029-et írunk. A humán értékek jelentõségüket vesztették: a világot az irányítja, aki a legtöbb információval bír, így az emberek rácsatlakoztak egy globális hálózatra, amely az élet valamennyi területét befolyásolja. Talán ezért is akarják olyan sokan feltörni. A technoterroristák megakadályozására jött létre a Section 9 névre hallgató különítmény, amely kibernetikus beültetésekkel felturbózott kommandósokból áll. Emberfeletti lények õk, gépi segítséggel agyuk és izomzatuk sokkal többre képes, mint egy átlagemberé, de létük bizonytalanságának is ez jelenti alapját.

A géptestben lakozó Kusanagi Motoko õrnagy egy különösen veszélyes bûnözõ, a Bábjátékos után nyomoz, aki testrõl testre vándorol, ezért kilétét szinte képtelenség meghatározni. Közben megmagyarázhatatlan esemény történik: egy kiborg-gyártó üzem magától összeszerel egy új fémtestet, amelyben különleges értelem, a Szellem nyomaira bukkannak...