Mindenki kedvenc pizzaevő teknőcei, Michelangelo, Donatello, Leonardo és Raphael visszatértek, hogy még nagyobb és ádázabb gonosztevőkkel vegyék fel a harcot April ONeil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) és egy újonc, a hokimaszkos igazságosztó, Casey Jones (Stephen Amell) oldalán. Miután Zúzó, a szupergonosz megszökik az őrizetből, összeáll Baxter Stockmannel, az őrült tudóssal, és két tökkelütött segéddel, Beboppal és Rocksteadyvel, hogy megvalósítsák a világuralomra törő ördögi tervüket. Miközben a teknőcök Zúzóval és új csapatával küzdenek, egyszer csak szembe találják magukat egy még nagyobb gonosszal: a hírhedt Kranggal.