A történet a jövőben játszódik, Japánban. Kiborgok, bionikus emberek és igazi emberek egymás mellett élnek a bolygón, s a köztük levő különbség szabad szemmel nem látható. Sokan a nyakuk hátuljára operált fizikai porton csatlakoznak az információs hálózathoz, mely behálózza a világot. A bűncselekményeknek is új dimenziói vannak. A kifejezetten a számítógépes hálózathoz köthető bűnök elkövetőit egy titkos osztag üldözi, melyet Motoko Kusanagi vezet, egy kiborg, aki katonai tapasztalattal is bír.