10 év telt el az elõzõ részben elbeszélt események óta. A galaxis forrong. A titokzatos Dooku gróf vezetésével naprendszerek ezrei lépnek ki a Galaktikus Köztársaságból, annak azonban nincs hadserege, a maroknyi Jedi-lovag pedig kevés hozzá, hogy fenntartsa a békét és a rendet. Padmé Amidala ellenzi a hadsereg felállítását, de van, aki nem ért egyet békés javaslataival. Megpróbálják megölni, ezért a tanács testõrt rendel mellé: Obi-Wan Kenobi tanítványát, az ifjú Anakin Skywalkert bízzák meg a feladattal. Míg õk a további támadások elõl bujkálnak, Obi-Wan a merénylõ után nyomoz. Egy távoli bolygón óceánjának mélyén különös titkokra bukkan: egy klóngyárban valami olyasmit termesztenek, amely eldöntheti a közelgõ polgárháború kimenetelét. Anakin, Padmé és Kenobi egy sziklabolygón találkozik újra. Itt gyülekeznek és készülnek a végsõ összecsapásra a lázadók. Amikor a csata kitör, nemcsak a Jedik és a renegátok állnak szemben egymással, egy új hadsereg katonái is beavatkoznak a küzdelembe.