Napoleon Dynamite egy Preston nevű kis városkában él. Meglehetősen retardált viselkedése folytán senki sem kedveli, szinte kitaszítottként él. Bátyja, Kip sem sokkal különb nála, aki a meglehetősen hiú nagybácsikájukkal együtt üzletelni kezd mindenféle vacakokkal. Mindenki lenézi Napoleont, ütik az iskolatársai, miközben ő csak a saját kis világával van elfoglalva, a külvilág alig érdekli. Ám új barátra és egy barátnőre is szert tesz lassacskán, akik bár nem sokban különböznek a fiútól, együtt sok mindenre képesek: elindulnak az diák-igazgató választáson...